―ゾイド２の初クリア後について―
タイトル画面の「ロード」からクリアデータを選択
・前周回と違う国家になる
・パーツ、アイテム、資金引き継ぎ
・敵レベルは通常通り

―両国家クリア後（三周目以降）について―
タイトル画面の「ロード」からクリアデータを選択
・前周回と違う国家になる
・ゾイド（前周までに使用したもの）、パーツ、アイテム、資金引き継ぎ
・敵レベルは通常通り

タイトル画面の「スタート」から「クリアデータをロードする」を選択
・国家は好きな方を選ぶことが出来る
・ゾイド（前周までに使用したもの）、パーツ、アイテム、資金引き継ぎ（引き継がないことも可能）
・敵とＮＰＣのレベルが全体的に上昇。上昇量は約４０