はじめからどういう目的があるのかを質問に含めないから厄介なことになるんだ。
BASICみたいな感じで簡易スクリプト言語を組んでしまえばいい。

MSG
何かのメッセージ
MSGEND

SET A=100
GET B,A

みたいなやつを決めて、C#側での変数管理は、Dictionary<string,object> values;のようなディクショナリでまとめておいて、
SET命令が出てきたら、values["A"] = 100。
GET B,Aなら、values["B"] = values["A"] って感じで実行するように組んでおけばいい。