扱わないといけない文字コードは4種類ある。
　1. プログラム中の文字列型
　2. OSのAPI
　3. ソースコード
　4. 入出力ファイル
4については、対応が必要なぶんの変換モジュールを用意すればよいだけ。
3については、1に決め打ちするのが楽だが、4があるなら変換して読み込めばいい。

で、Windows対応を謳うには以下のどちらかが必須。
・setlocale で 1=2 という環境に限定し、1に対してmblen等の適切な処理をする
・1=ユニコード (UTF-8/16/32は問わない) として 2=W系API を使う

Luaの実装はどちらでもないので、「Windows対応が完全ではない」と評価するのが妥当。
Squirrelなら後者になるようコンパイルできるので、この件に関しては問題ない。
他の環境はわからないが 1=ユニコード なら後者を満たしていると期待できそう。