なんか釣りっぽいけど
マジレスするとシェーダー使っててもSetRenderStateは全て無効にならない
基本事項はSetRenderStateで設定しといて
シェーダー内のみで変更したい項目をシェーダー側で変更する
ID3DXEffect::Beginでパラメーターを指定しなければEndの時に変更部分が復元される