javaは、jarファイルと書いていましたが正確には
classファイルですね

何を言いたいのか分かったと思いますが念のために
exeファイルは、解読不可の為変更できない。
つまり、修正はプログラムを修正して再度コンパイル。
もちろんプログラムの中にDBへのアクセスも含まれています。

悪意のある人がDBをいじくろうとおもってもできないわけです。