うちも俺らの反対押し切って2008R2のシステム入れたけど
原因不明の応答停止に悩まされてたよ。
で、解決策が毎週日曜日の深夜に自動リブートさせるという。
これでトラブルは今のところ起きなくなったけど、サーバとしてどうかと思うね。