VC++9での質問です。

あるライブラリをインクルードする必要があるのですが、
ソース中に #pragma comment(lib, "ライブラリ名") と書くと、LNK2005のエラーが出ます。でも、
プロジェクト→プロパティ→リンカ→追加のライブラリ
のところに「ライブラリ名」を書くとLNK2005は出なくなりコンパイルできます。
リンクの順序が関係してるのかと思ったのですが、よくわかりません。
どういう基準で方法を選べばいいですか？