>>572
MSBuildファイル(*.csproj)でプロパティBaseIntermediateOutputPathあたりを設定する。
詳しくはWINDOWS/Microsoft.NET/Framework/v??/あたりにあるMicrosoft.Common.targets,Microsoft.CSharp.targetsファイルを参照してくれ。

MSBuildまわりのドキュメントって少ないなあ