自分のEclipse3.11の日本語化されたのでは
ウィンドウ→設定で設定のダイアログ出して
ツリーを一般→エディタ→テキストエディタ→注釈
とたどって表示した画面で設定できるよ。
出現個所を選択して色ボタンをおせばいい。