＞FTP/WebDAVプラグイン
↑これ、非常に評判悪く使えません

しかも今はそういうプラグイン無いのです
何でかって言うとEclipseの場合CVSのほうをよく使うから
PHPみたいにスクリプト系の場合は俺もそんなFTP機能が欲しいと思っていた
自分もPHPとかやってますがサーバにアップする時は普通にFFFTPとか使っています
ただ、サーバにあがっているファイルとの差分とかが見れないんだよね〜
もうしょうがないから、ぷれぷれDiffとか言うソフトで見たりしています