自分も初め起動できてたのに色々してたらいきなりそのエラーが出た。
何故だかわからない。
いまSWTJFACEプログラム用のワークスペース新たに作ってやってるんだけどこっちは何故かSwingアプリケーションを起動の選択してもswtアプリが走ります。java.library.pathをEclipseがどうやって決めてるのかようわからん。

とにかく
Properties props = System.getProperties();
System.out.println(props.getProperty("java.library.path"));
を動かしてみて実行時のjava.library.pathをみつけてswt-win32-3139を探してそこにぶち込んだら動くけど。