>>481
直前に、AのHoge を実行していた、つうことはありませんか？
Eclipse2.X の場合、Eclipse3.X　と違って、
クラス右クリックメニュに実行がでてこなくて、

パッケージエクスプローラ上でカレントにする→実行を選ぶ

という流れになり、同じ名前のクラスだと、ヒストリにでてくる名前も同じなので、
ツールバー上の実行アイコン（人が走ってるアイコン）とかデバッグアイコン（虫のアイコン）
をクリックして、「前回の起動を実行」を行うと、間違えて、前回選択していたクラスを
実行してしまうことになる。

ほいでもって、同じ名前のクラスのブレークポイントは共有されてるっぽい。
なんで、ＡのHoge を実行した直後に、ＢのHoge にブレークポイントを打って、
デバッグアイコンをそのままクリックすると、そういう動きになります。

この現象を回避するには、一旦、BのHoge をクリックしてカレントにし（青地に白文字の状態にし）、
デバッグアイコンの横の▼をクリックしてプルダウンメニューを開き、
[次を実行]->[Java アプリケーション]で実行してやる必要があります。