それ具体的にはsfのどのプロジェクトの話ですか?
Sunのコンパイラでも、普通、パッケージに沿った
ディレクトリ構造じゃないと駄目だから、そんな
めちゃくちゃな話になっているとは思えないのですが。
単に一番上位のソースフォルダを設定しなおせばいいだけとか
そういう話じゃないの？