LISPとか、Perlの様なスクリプト言語みたいに
プリプロセス用コードをJavaならJava自身で書ければいいんじゃないかと。
現状「プログラム作るためのコード」しか書けないじじゃん。
「プログラム作るためのコードを作るコード」を書ける様になれば、
ファイルをどこに置くかなんて問題は一蹴されるかと。