再現性がある限りの最小の構成を作ってみました。
メインとして同付のdummy.jpgを読み込んでください。
http://www.dotup.org/uploda/www.dotup.org2387837.zip.html
グループ制御のレイヤーをオン/オフすると黒の四角形の角度が変わることがわかると思います。
実際は図形オブジェクトの部分が動画になりますが、挙動と設定はほぼ同じです。