そこら辺は慣れてきたんで
次のメジャーバージョンアップまでもういじって欲しくはないな。

散らばってるのは確かなんでダイアログから他の色設定ダイアログを呼び出す
ボタンやリンクを上手く設置すればあまり彷徨うこともなくなるはず。

メニューはもう自分でいじっちゃったけど
設定関連はメニューやステータスバーも含めてツール|〜で一発で呼び出せるようにしてあると混乱しないね。
まあいじったらいじったで当然混乱するだろうけど。