使ってるデコーダの質でしょ
今は知らんけど昔はWINAMPのデフォよりmpeg123のやつ使った方が高音質とかいわれてたし
ソフトによって使ってるデコーダが違うから音質は違うはず

うちは糞スピーカ糞ヘッドホンだから致命的なレベルで違わないと聞き分けられないけどなｗｗｗ