いや、エンコーダのバイナリ違うんなら明示するのが普通だろ。
ソース公開されてるんだし自分でいじることも可。
コンパイラの違いによってエンコード結果が違って困ることより
嬉しいことのほうが多いから、その簡単な解決方法は
あなたが自分でコンパイルするときに実行してください。

他人から渡されたバイナリが自分のとこでエンコードしたものと違うと
非常に困るというシチュエーションがあったら教えてもらえますか?