>>414-415さん、ありがとう！

-b 96 -m f -q 0 --resample 32 --lowpass 14 --noshort

このオプションで早速エンコしてました。
正直なところ、劇的な効果は感じなかったですが、
静音に近いシーンなんかでのノイズが気持ち無くなったような感じも。
しかしながらサイズ的には全く同じものが仕上がりました。
(約45分の音声が31.5 MBでした。CRCは変わってましたが)
取りあえずビットレートを64まで下げてエンコし、
それと聞き比べながらどのあたりにするか決めてみます。

最初はどんな調整が必要なのかわからなかったので
取りあえずpreset使っとくのが無難かと思ってはいたものの
ここで質問してみて勉強になりました。（サンプリングに関してなど）

皆さん、ありがとうでした。