１．レジストリ
○マルチユーザーに対応
○読み込みが速い
×バックアップ、アンインストール、編集が面倒

２．実行ファイルと同じ場所にini
○バックアップ、アンインストール、編集が簡単
×マルチユーザーに対応してない
×読み込みが遅い

３．Application Dataにini
○マルチユーザーに対応
×バックアップ、アンインストール、編集が面倒
×読み込みが遅い

４．実行フォルダと同じフォルダにユーザ別ini
○バックアップ、アンインストール、編集が簡単
△中途半端なマルチユーザー（書き込み権限がない場合使えない）
×読み込みが遅い


一人で使うなら2
複数で使うなら1か3
最強なのは1と2、もしくは2と3（と4）が選択できるソフト