iniの方が好きだけど別にレジストリでも構わない。
全く同じ機能で設定がレジストリのものとiniのものがあったらiniを選ぶし
オプションで設定保存先を選べるならやはりiniを選ぶけど、
他の機能にちょっとでも差があったら設定がレジストリだろうと機能が優れてるものを選ぶ。

ソフトを使うだけの立場からの意見だけど、使うソフトを選ぶ上ではini＞regだけど、これは最低優先点。
>>619の言うとおり、実行ファイルと一緒にフォルダごと消せるのは楽だけど
>>608の言うとおり、ファイル消すのもレジストリ消すのも手間は変わらない。
つまり、一カ所消すか2カ所消すかの違い。ならば不要になったときのその程度手間の差より
使ってる間の機能の差を優先したいというのが自分の考え。