>606
実行ファイルやiniファイルも、不要になければゴミでしょ。
ゴミを出したくないならソフトを使うことなんてできないね。

レジストリだろうとiniだろうと不要になればゴミ、
そしてそれを消せば全く問題なし。何も違わないよね。

>607
フォルダごとポイと同じでしょ。
レジストリエディタでキーを辿って不要部分を削除。
ファイラーでディレクトリを辿って不要部分を削除。
レジストリはHKLMやHKCUなど、複数箇所に保存されることもあるけど
iniもカレントディレクトリやユーザープロファイルやシステムディレクトリなど複数箇所に保存されることがある
何も違わないよね。

設定ファイルがカレントディレクトリのみの物に限れば不要になったとき実行ファイルと一緒に消せるという利点はあるけど
それ以外はファイラーを使って削除するのもレジストリエディタを使って削除するのも手間数は変わらない。
ただ、ファイラーは初心者が一番最初に弄るソフトで、レジストリエディタは初めから多様するものではないので
単に初心者はレジストリエディタに慣れてないから難しく感じるだけ。
慣れればファイラー使うのもレジストリエディタ使いのもたいして変わらないよ。

OS再インスコ後の設定復元も、関連付けはレジストリでやるしかないんだから、
それにエクスポートしておいた各ソフトのレジストリスクリプトを結合しておけばダブルクリック一発で復元完了。
逆に再インスコ時以外なら、エクスポートしたレジストリスクリプトに自由な名前付けられるから
退避した設定ファイルの管理や復元が楽。