別にツールに限らずWindows自体がバキバキ書き込んだり読み込んだり
めちゃめちゃレジストリ使ってるんだから、それを気にして手もしょうがないと思う。
むしろ設定保存にだけレジストリ使うツールなんて優しいもんだと思うが。