保存先の選択は「アプリ選択」の読み取りを行った後で使用するプリケーションの選択で
「起動しません（ファイル保存のみ）」を選べば「保存先」に指定したフォルダに自動で保存される

スキャンスナップの設定で自動的に連番のフォルダを作るとかは出来ないと思う