全文検索はGDS、WDS、サーチクロスを試したけど
サーチクロス2.0が個人的には一番使いやすかった
現在使用中だから質問に答えられるよ
http://www.villagecenter.co.jp/soft/searchx/

Adobe Reader 7.0 にも指定フォルダ以下（サブフォルダ含む）に
存在するPDFファイルから全文検索する機能がついていた
しかしインデックスファイルを作らないので毎度ゴリゴリ遅い