教科書をスクリーンに投影するためにスキャナで取り込んでます。
本を開いた状態で取り込むと、中央に影が出たりその付近の文字や図が歪んでしまい
ますが、これをソフトウェアで補正する方法は無いでしょうか？

裁断して読み込むのが一番だとは思いますが、なにぶん量が多くて人手が無くて。

使っているのはエプソンのGT-8400UFです。
http://www.epson.jp/products/back/hyou/scanner/gt8400uf.htm