>>311
pdfや無圧縮zipをそのまま扱えて、元ファイルに変更を加えることなく、
ポストイット、下線、書き込みなど現実の書籍同等に扱えるソフトがあるといいですね
情報ファイルは書籍.pdf＋書籍.txtのように並べて吐いてくれると管理しやすそう
しかし、自分の知る限りこんなアプリは存在しないです
コンセプトが近いのはOneNote、DocuWorksあたりでしょうか

(a)サーチクロス
(b)Delicious Library ←mac専用なのが悲しい
(c)該当なし
いまのところこんな感じで模索中でした