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すいません。JavaScriptでした。一応CGIの方は使わないのですが。
「新規ブロック作成」で

<script language="JavaScript">
<!--
var mcont = 1;//正午月齢(1)、現在時刻月齢(0)の指定
（以下略）

を記述したブロックを作成して、テーマのソースを

<script type="text/javascript">
<!--
<{$xoops_js}>
//-->

<script language="JavaScript" src="qreki.js"></script>
<script language="JavaScript" src="koyomi.js"></script>
<script language="JavaScript" src="calendar.js"></script>

</script>

</head>
<body>

に変更だけじゃダメなんですかね？
JavaScriptに関しては無知なのでバカみたいな質問かもしれませんが、ご指南くだされ。