＞どの学問分野でも基礎をたちあげるときには、哲学的思考がおおきな比重をしめます。
単にある科学の理論が定量的でない定性的な議論しか出来ないときは
哲学者にも議論に参加する余地があるが、
定量的な議論に入ると哲学者の出る幕は無い、ということかと思いますよ。

もっとも今の「哲学」と昔の「哲学」ではそもそも指す範囲がかなり違うのですが。
＞ニュートン自身、自分を"自然哲学者”としています。
当時の科学者は職名としては皆そうでしょう。
今でも博士号はPh.D.（Philosophiae Doctor）なんて言いますが、
単に昔の名残で「哲学博士」という名前なだけで哲学をやっているわけじゃありません。

＞解析学をすて、古典的な幾何による証明に帰っていきますが、
＞それもアリストテレスの議論に影響をうけたからと考えられます｡
あなたが勝手にそう信じるだけなら勝手ですが、
彼がプリンキピアの記述において微分積分を使わなかったのは、
そもそも微分積分が当時生まれたばかりの学問であって
力学の基礎付けに使えるほど十分厳密でもなければ明快でもなかったからです。