…実を言うと、登録しなくてもIDA Frigate等は購入できます。
登録しないとあくまでストーリーが進まないだけ。
まあ、ストーリーが進まんおかげで購入できない船もあるんですが。

とりあえず、ストーリーに関係なく購入できる船ベスト3

1 Pirate Enterprise
耐久力が高い&カーゴが大きいので、貿易用にも戦闘艦にも適している逸品。
Pulse系武装で全て固めると、マンティコアはおろか連邦空母すら目じゃない。
また、Matrix Steel等の装甲改造の費用が安いのも利点。
安価な火力と装甲を求めるならコレ。

2 Used(good)Starbridge
実はマスが普通のスターブリッジより大きい。火力と機動力のバランスが最もとれている船。
シューティング好きに適していると思われ。ただし、カーゴが少ないので貿易には不向き。
加えて、イオンキャノン等のイオン化攻撃に弱いという欠点あり。

3 Pirate Carrier
一見するとバカ高いのだが、ヴァイパーベイを全て売ってしまえば何とかなる。
せいぜい6Mくらい。サンダーヘッドベイまで売ると3Mまで下がる。
レールガンを装備しての砲撃戦が得意だと思われ。最大10門まで装備出来るので
レールガンマニアには堪らないかも。