6-062-6616

Destroy the RAGE Gunboats that are transporting the traitorous Bureau cell.

裏切りの調査局のCellを輸送しているRAGE Gunboatを破壊せよ。(訳不明：cell-独房?)
↓
裏切りの調査局の協力者を輸送しているRAGE Gunboatを破壊せよ。

cellは政治的結社、組織などの下部組織とかそのメンバーって感じでしょうか？
工作員でもいいかもしれません。

6-052-6129

You are being reassigned to Intel. Go to <RST> in the <RSY> system to receive your orders.

あなたはIntelに再び割り当てられている？？？。命令を受けるために、<RSY>星系の<RST>へ向かえ。
↓
情報部はあなたを再び必要としている。命令を受けるために、<RSY>星系の<RST>へ向かえ。

Intelはたぶん、Rebelの情報部のことかと。
かなりの意訳ですがたぶんこんなニュアンスかな？