スタートレックの場合、単に「艦隊」と訳すことが多いようです。

「海軍」でもいいかもしれません。
本当の意味での「海軍」は惑星の中にしか存在できませんが、
宇宙から攻めてくる敵に対しては無力だと思われるので
この時代には衰退してしまっていることでしょう。

「王立宇宙軍」というのもありましたし「宇宙軍」でも問題ないとは思いますが、
ゲーム中の軍艦の呼称など、現代の海軍の軍艦の序列を継承しているようですし
「海軍」がいいのかもしれません。