この流れで思ったんですが、RedHat系からDebに変えた時って、Apacheとかソースコードからインストールする場合はやっぱディレクトリ設定外の設定値とか変わってくるんですかね？
そもそも/のディレクトリ構造が違うのでしょうか？

centOSなんか今後がダメっぽいですもんね
サーバとして開発・更新、安定性など一番安心できるディストリビューションって総合的に言えば何が一番いいんでしょうか？

サポートまでふくめればRHELなのかなとは思いますが、コストが高くつく分総合ではどうなのかな・・・と