本当にただのディスクの肥やしであるなら、そうは問題になるまい。
しかし、入っているということは、起動できるということでもあると思うが、どうかな。

絶対に意図せず起動することはない、といいきれるのであれば問題なかろう。
が、そんな風に言い切るやつには鯖管をやってほしくないな。