フレット音痴の可能性が高いから、チューナー持ってたら各弦の12Fの実音とハーモニックスを比べてみる。

それで大幅に狂ってたリペア（サドル加工のオクターブ調整）に出さなきゃならない。
自分でも出来ないことはないが、自信ないんなら調整に出した方がいいな

狂いが少しぐらいだったら曲を弾くとき一番使うフレットを中心に調弦する。
で普通に押弦して狂いが気になる所は押さえ方でカバーする。
例えばオクターブで押弦（１弦12Fと3弦9F）で変だったら、
音名に対して低い方の弦を気持ちチョーキングさせるようにして押さえ合う様にする。

どんなギターでも多少のフレット音痴はあるから、
自分のギターのくせを知ってそれに応じたチューニング、弾き方を覚えるのは大事だと思う。