「評価が高い」＝音楽界に貢献したの意味であればベートーベンでしょう。
が、「評価が高い」＝「どちらが多くの人に愛されている曲を作った？」という意味ならば答えは出ないでしょう。
個性により好き嫌いも分かれますから。
「ベートーベンがいくら後の音楽に貢献してたとしても、ひとつの曲の良さだけで比べたらモーツアルトが断然上」と思ってる人も沢山います。
ただし、「どちらが多くの人に愛される曲をつくったか」をリアルタイム（昔）で多数決とったならばベートーベンの方が評価は高かったでしょうね。
といっても「ベートーベンの曲はモーツアルトの曲より気に入られまくり！」とかそういう意味ではなくベートーベンは当時としては珍しく「俺、お高くとまったヤツ嫌い！」とか「○○って最高だよな！」
とか結構現実的な自己主張を曲に出していく傾向にあったためか、貴族だけでなく生活感溢れる民衆からも愛されていた（もしかすると代弁者的存在だった？）ので支持していた人数は必然的にモーツアルトよりは多くなった、という意味です。