私見なので異論は歓迎だけど、

数字付き低音の表記が適切な時代の曲ってのは、まだ旋法が長調短調に収束して
ないので、「この曲のこの瞬間の主音は何？」という問いの答えが明確に決まらない
ケースが多いのではないかと思う。

ローマ数字は、主音からの度数なので、主音の解釈が替わると数字もかわっちゃう。

だから、数字付き低音の低音をローマ数字で書きたいという欲求は
歴史的にあまりなかったんじゃないかな。