あとラストでポニョとそうすけに課せられた試練を分かっていないと思う。

あれはポニョがそうすけに受け入れられなければ泡になって消えてしまう。
受け入れられればポニョは人間になって魔法を失う。
つまりポニョとそうすけをグランマンマーレの元に連れていけさえすれば
どちらにしても世界は救われる。
殺す必要なんかどこにもありません。

どちらにしてもフジモトは娘を手放す決意をしていたわけで
悩みに悩んだ末の結論でしょう。

はっきり悩んだ顔を描かれないと分からないような話じゃないですしｗ