たとえばSAMBAでファイル共有しようとすると、セキュリティがかなり難しいと思うんだけど。
SAMBAってOSのユーザー作らないとアクセスできないよね。
ドメインで認証したユーザーだけ限定で公開ってできるの？
そもそもアクティブディレクトリーとの連携もうまくできんのじゃなかろうか。
それにUNIX系ってファイルのセキュリティって読み取りと書き込みと実行の３種類しか設定できん。
NTFSのNT系サーバーだったら、フォルダ作成許可かつファイル作成禁止とかできるけど、SAMBAじゃできんだろ。
最近はLINUXでもNTFSサポートしだしたから、もしかしたら出来るのかもしれんけど。

ファイルサーバーやるんなら、やっぱりWindowsしかないよなぁと思う。