漏れの親戚が新星堂で店長やってるから聞いてみた。
2ﾀｲﾌﾟ出ているCDを1枚ずつ買ったらやはり2枚で集計されるらしい。漏れの質問に対して当たり前じゃんって笑ってました。ｵﾘｺﾝにも確認してくれました。
ちなみに3曲入りで2ﾀｲﾌﾟ発売されてるﾏｷｼを1枚ずつ買う場合、3曲中2曲が同じ曲なら同一の商品として扱われて数字が2加算されるそうです。つまり2ﾀｲﾌﾟのそれぞれの売上が合計されて1枚のCDとしてﾁｬｰﾄｲﾝするらしい。
2曲入りﾏｷｼで別々のPVがつく場合もそうらしいです。

長文すいません。