>そういう各種映り込みを防ぐ方法ってあるのかな?
車両にもよるが、半質運転台の車両の前面窓から撮るなら、
レンズをガラスにピッタリくっ付けて撮れば良い。
仕切りガラス越しの場合も同じ。仕切りガラスにレンズを付ける。
その場合で前面ガラスに傾斜がついている構造の車両なら
(近鉄2100系,酉283系パノラマなど)前面ガラスにも反射しない。
(ただし逆光だと床面が反射する)
逆に前面ガラスが垂直だったら(束キハ110その他多数)アウト。

>トンネル内外などで露出が違いすぎる時、外に出た後、
>画面が白く飛んでしまうのを防ぐ方法とは?
トンネルを出る直前にマニュアルフォーカスで絞り込んでおく、
ぐらいでは? てか、それって映像素子の性能の問題では?
可能性としてはフォーカスは遠景で固定のまま、
PAEの風景モードを使ってどうかな、って感じ。

あと、最後の手段として、動画編集ソフトのエフェクト機能で、
問題箇所のガンマ値を落としてみる、とか。
(前後はコマを動かさずにディゾって繋ぐ)