見てきたのでわかったことだけまとめて報告。
一部ＴＡＩＴＯの人から聞いた話については公に発言してもよいという許可を頂いてきました。

【路線について】

総武線は急遽カットになったそうです。ディスクの容量が足りなくなってきたため削ったと・・。
なんでもＴＡＩＴＯ的には山手線・大阪環状線をフルで収録させることが念願だったらしく、
総武線が削られることになったそうで・・。
中央線とほぼ同じ路線を使いまわすんだから容量ってそんなに増えるもんではないと思うのですが・・・。

山手線併走区間ということで登場が期待されていた京浜東北線・埼京線・りんかい線も当然ありません。

花咲線は企画段階ではあったがボツになったそうです。
（スケジュール的に作れないため）

梅なんとか線も当然入ってないとのこと。

発車ベルについては音源を提供してもらったわけではなくスタッフが現地で収録してきているそうです。