VojtaServantPreference.xml の変更が反映されない件ですが、

vojta.VojtaApplication#loadVojtaServantPreference の中で
VojtaServantPreference のインスタンスを作る際に例外が発生して
結局 loadDefaultVojtaServantPreference で作られたデフォルトの設定が
使われてしまっています。

なんで例外が発生しているかというと、
vojta.servant.VojtaServantPreference#init の中で、
workAsServer_ = URelaxer.getElementPropertyAsBoolean(rstack.popElement());
という(実在しない)エレメントの取得を行っているためにスタックが一つずれて
最後にnullエレメントを取得してしまうからです。

ｽﾏｿ、decompileしてソース読んでしまったよ