>>797
> システムフォルダにクローンを作っちゃうのは作法としてどうなんだろう？

システムフォルダは本来、アドオンの共有物を入れるための場所なので問題ありません。
共有DLLコピーが推奨されないのは、DLL地獄(バージョン管理崩壊)を避けるためです。
共有せずに常に最新のものを上書きOKの場合には、問題が生じません。

> インストール情報のレジストリが削除されるまで本体の終了を待たせていることに何か意味があるのかな…？

レジストリ削除待ちをしているのは、「プログラムの追加と削除」が参照するアンインストール情報です。
削除前に本体が終了すると、「プログラムの追加と削除」の一覧から自分の項目が消えないので、待つ必要があります。