互いに関連(相手へのポインタ）をもつオブジェクトで
なおかつそのオブジェクト同士の関連の仕方が全くの任意である場合、
その関連の仕方をデータに保存するにはどのような方法があるのでしょうか？

私が思いついたのは、全てのオブジェクトを適当に順序づけて一元に保存し、
その後、その順番を元に関連の有るオブジェクト同士の番号を別途保存する
方法なのですが、所詮素人考え、どうにも二度手間で、泥臭く感じてしまうんです。

よくありそうな処理の割に良い方法が、思いつきません。
なにかスマートな方法があったら教えて下さいませ。