その後試行錯誤して、取れることは取れるようになりました。
でも綺麗でないので後学のためまっとうな取り方を誰か教えてもらえると
うれしいです。

とりあえず今の取り方：

1. UserControl.hWnd を再帰的に GetParent し、トップレベルの hWnd を記録
2. For Each IE In SHDocVw.ShellWindows して、IE.hWnd と比較
3. 一致したら、その IE が自分が入っているエクスプローラーバーを持っている IE コンポーネント
4. 後は IE.LocationURL なり IE.document で表示内容にアクセス

こんな hWnd に VB で触っている時点で方法として間違っている気がする。