バイナリでとるんだろうから、バイナリを解析するしかないんじゃない？
あるいは、クライアントにファイルの種類を選択してもらって、それもパラメータとして送るか。

どっちにしろ、サーブレットの中でファイルのないよう解析を行うなら、形式に縛りは必要だよね。