仮にC#でデータベースからデータを取ってきて、取ってきた文字列を変換すると言う処理をする場合は
C#とSQLどちらで変換するのがベターなのでしょうか。

変換元は00〜99でそのうち半分くらいは決まった4桁の値に変換しそれ以外は一律9999に変換します。
現在は全てSQLにDECODEで記述されています。オラクルです。