問題は誰が悪いことするのかでしょ
特定の客にしかバイナリを配らないんなら客からの要求がない限りは難読化なんか要らない
客にも漏らせない特殊な技術があるとしたら、それは難読化云々ではなく契約の問題
客がそれを破ったら当然訴えりゃいい