オートエンコーダで積層にしているのは
２層だけだと収束が悪いので多層にしてるだけ。
ディープラーニングのメインコードとはもともと関係がない。

普通のオートエンコーダを理解すれば十分だけど、
>>563の言うとおり、条件を限定すれば
オートエンコーダの結果は主成分分析と一致する。

主成分分析の性質を理解することがオートエンコーダの理解に繋がる。
566は論外。